Patogenní mikroorganismy jsou legislativně zakázány a pravidelně sledovány. Jejich inaktivace je možná více způsoby, například rozbitím či narušením jejich struktury DNA či usmrcením mikroorganismů. Další možností je jejich úplné odstranění z vod. Desinfekce u pitných a procesních vod zabraňuje průniku nejen patogenních mikroorganismů do systému. Desinfekce odpadních vod je nutná v případě recyklací vod.
